Hi<br><br>I am trying to use camino to analyze my DTI data. <br><br>I am first doing eddy current correction.<br><br>This is my command line:<br><br>[drg@zonda camino]$ mbalign -datatype float -schemefile 36dwi_b1000_bvector.scheme -components 36 -datadims 260 260 65 -voxeldims .73846 .73846 2.0 -sigma 14 -inputfile dti001_ser7.Bfloat -bgmask dti001_mask.nii -eddy -outputfile dti001_ser7_eddy.Bfloat -slicecheck /data/zonda1/pddti/dti001/camino/slicecheck/dti001_slicecheck -bgthresh 20 <br>

<br>This gives me some initial output:<br><br>:-) I have everything I need!<br>
36 components inside inputfile.<br>
No temp directory specified. Trying to use /tmp/dti001_ser7_15.11.11_181736.<br>
Successfully created /tmp/dti001_ser7_15.11.11_181736.<br>
Linux system detected.<br>
Disk space temporarily used during calculation is about 5694624000. Make sure space is available!<br>
Fitting Tensors...<br>
mask input<br><br clear="all">After this I get a lot of output that looks like the following. I get this output whether or not I specify a bgthresh and at a variety of sigma values. Is this to be expected or do I need to fix something?<br>

<br>Nov 15, 2011 6:17:42 PM imaging.DW_Scheme normalizeData<br>WARNING: Can&#39;t use normalization constant 0.0<br>Nov 15, 2011 6:17:42 PM inverters.RestoreDT_Inversion invert<br>INFO: optimizers.MarquardtMinimiserException: Singular Matrix in gaussj - 2  Fitting failed.  Outputting best DT found, which may be affected by outliers.<br>

Nov 15, 2011 6:17:43 PM imaging.DW_Scheme normalizeData<br>WARNING: Can&#39;t use normalization constant 0.0<br>Nov 15, 2011 6:17:43 PM inverters.RestoreDT_Inversion invert<br>INFO: optimizers.MarquardtMinimiserException: Singular Matrix in gaussj - 2  Fitting failed.  Outputting best DT found, which may be affected by outliers.<br>

Nov 15, 2011 6:17:45 PM imaging.DW_Scheme normalizeData<br>WARNING: Can&#39;t use normalization constant 0.0<br>Nov 15, 2011 6:17:45 PM inverters.RestoreDT_Inversion invert<br>INFO: optimizers.MarquardtMinimiserException: Singular Matrix in gaussj - 2  Fitting failed.  Outputting best DT found, which may be affected by outliers.<br>

Nov 15, 2011 6:17:47 PM imaging.DW_Scheme normalizeData<br>WARNING: Can&#39;t use normalization constant 0.0<br>Nov 15, 2011 6:17:47 PM inverters.RestoreDT_Inversion invert<br>INFO: optimizers.MarquardtMinimiserException: Singular Matrix in gaussj - 2  Fitting failed.  Outputting best DT found, which may be affected by outliers.<br>

Nov 15, 2011 6:17:57 PM inverters.RestoreDT_Inversion invert<br>INFO: Maximum iterations reached without convergence. Final tensor:<br>        1.2312659747573168E-9 -1.0053586166159994E-10 -1.4422426735710772E-11<br>-1.0053586166159994E-10 1.0873050187771824E-9 2.6988536554535517E-11<br>

-1.4422426735710772E-11 2.6988536554535517E-11 9.300247616640151E-10<br><br>-- <br>Darren <br>