<div dir="ltr">Hi Mojdeh,<div><br></div><div>You can see that the difference in orientation is due to the qform and sform values, although the difference is actually ridiculously negligible. You can make a backup of your seed (<font face="courier new, monospace">mv mask_final.nii.gz mask_final_backup.nii.gz</font>) and then copy the geometry of your brain mask to your seed:</div>

<div><br></div><div><font face="courier new, monospace">fslcpgeom <span style="font-size:13px">B0_brain_mask.nii.gz</span> <span style="font-size:13px">mask_final.nii.gz</span> </font></div></div><div class="gmail_extra">

<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Oct 18, 2013 at 3:11 PM, Mojdeh Zamyadi <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mojdehzm@gmail.com" target="_blank">mojdehzm@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    1c1<br>
    &lt; filename       mask_final.nii.gz<br>
    ---<br>
    &gt; filename       B0_brain_mask.nii.gz<br>
    4c4<br>
    &lt; data_type      FLOAT32<br>
    ---<br>
    &gt; data_type      INT16<br>
    15,17c15,17<br>
    &lt; datatype       16<br>
    &lt; nbyper         4<br>
    &lt; bitpix         32<br>
    ---<br>
    &gt; datatype       4<br>
    &gt; nbyper         2<br>
    &gt; bitpix         16<br>
    22c22<br>
    &lt; pixdim4        0.0000000000<br>
    ---<br>
    &gt; pixdim4        1.0000000000<br>
    46,47c46,47<br>
    &lt; qform_name     Aligned Anat<br>
    &lt; qform_code     2<br>
    ---<br>
    &gt; qform_name     Scanner Anat<br>
    &gt; qform_code     1<br>
    57c57<br>
    &lt; sto_xyz:1      -0.874841  -0.014924  -0.016931  111.666946<br>
    ---<br>
    &gt; sto_xyz:1      -0.874841  -0.014925  -0.016960  111.666946<br>
    59c59<br>
    &lt; sto_xyz:3      -0.008062  0.038757  1.997956  -81.275047<br>
    ---<br>
    &gt; sto_xyz:3      -0.008075  0.038757  1.997955  -81.275047<div class="im"><br>
    <br>
    <br>
    On 10/18/2013 02:16 PM, Michael wrote:
    <blockquote type="cite"><font face="courier new, monospace">diff &lt;(fslhd <span style="font-size:13px">mask_final.nii.gz</span>) &lt;(fslhd <span style="font-size:13px">B0_brain_mask.nii.</span><span style="font-size:13px">g</span><span style="font-size:13px">z</span>)</font></blockquote>


    <br>
  </div></div>

</blockquote></div><br></div>