<div dir="ltr">I camino experts,<div>I am writing you because I would like to better understand how <b>reorient</b> works on tensors. I have checked the source code, and two points are not clear to me: first one is that, when using displacement field coming from FSL fnirt command, there is a sistematic shifting on voxel position of half unit; indeed you typed down</div>
<div><br></div><div><div><i>double posX = (voxX+0.5)*CL_Initializer.voxelDims[0];</i></div><div><i>double posY = (voxY+0.5)*CL_Initializer.voxelDims[1];</i></div><div><i>double posZ = (voxZ+0.5)*CL_Initializer.voxelDims[2];</i></div>
<div><i><br></i></div><div>Why does this shifting occur? Is it an fsl related issue?</div><div>The other question is coming from jacobian construction. Why do you add an identity matrix to the Jacobian after getting directional derivatives of displacement field?</div>
<div><br></div><div>Best Regards,</div><div><br></div><div>Alessandro</div>
</div></div>