<div dir="ltr"><div><div>Dear camino users,<br><br></div>I am using camino to fit the tensor model (nonlinear optimization, constrained to be positive semi-definite) on dMRI data with the following command:<br><br>modelfit -inputfile dwi.Bfloat -schemefile schemefile.scheme -inversion 2 -bgmask mask_Bfloat.nii.gz -maskdatatype float -outputfile dt.Bdouble<br></div><div><br></div><div>The process globally seems to work fine: the tensor fitting and then the derived scalar maps (produced as indicated in camino&#39;s DTI tutorial) are ok both at the visual inspection and by comparing their values to the ones computed by a previous tensor fitting with another tool. However in the terminal I am seeing many instances of these warnings:</div><div><br></div><div>Jan 17, 2018 10:50:35 AM imaging.DW_Scheme normalizeData<br>WARNING: Can&#39;t use normalization constant NaN</div><div><br></div><div>My question is: can you explain me why I am seeing these warnings? Can I trust my tensor fit despite these warnings? Again, scalar maps and their values look globally fine.<br></div><div>Could it be related to my brain/backgound mask? It is actually rather conservative (i.e. tends to exclude some voxels of the brain rather than include background voxels), but I can&#39;t exclude that in some instances it might also include some background (even if perhaps not that frequently). <br></div><div>I am a new camino user, I apologize in advance if this is a basic question.<br></div><div><br></div><div>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>----------------<br></div><div>Here follows additional information.</div><div><br></div><div>Before the tensor fit, I performed an eddy-current correction (MRtrix&#39; dwipreproc) and then did with camino:</div><div>fsl2scheme -bvecfile bvec_rot.txt -bvalfile bval.txt &gt; schemefile.scheme<br></div><div>image2voxel -4dimage dwi.nii.gz -outputfile dwi.Bfloat<br></div><div><br></div><div><br></div><div>For completeness, I report here that I also get some instances of this error:</div><div>Jan 17, 2018 10:50:32 AM misc.LoggedException logException<br>WARNING: Exception in thread &quot;main&quot; class optimizers.<wbr>MarquardtMinimiserException: Singular Matrix in gaussj - 2  <br>    at optimizers.MarquardtMinimiser.<wbr>gaussj(MarquardtMinimiser.<wbr>java:362)<br>    at optimizers.MarquardtMinimiser.<wbr>mrqmin(MarquardtMinimiser.<wbr>java:231)<br>    at optimizers.MarquardtMinimiser.<wbr>minimise(MarquardtMinimiser.<wbr>java:156)<br>    at inverters.NonLinearDT_<wbr>Inversion.invert(NonLinearDT_<wbr>Inversion.java:135)<br>    at apps.ModelFit.execute(<wbr>ModelFit.java:156)<br>    at apps.EntryPoint.main(<wbr>EntryPoint.java:290)<br></div><div><br></div><div> but from the camino FAQ webpage I think I understood their meaning.</div><div><br></div><div>I am running it on a Ubuntu 16.04 machine. <br></div><div>The git log of my camino version is:<br></div><div>commit af55b0acd7895b7d1dafa040df60c4<wbr>94369b138a<br>Author: Philip Cook &lt;<a href="mailto:cookpa@mail.med.upenn.edu" target="_blank">cookpa@mail.med.upenn.edu</a>&gt;<br>Date:   Fri Oct 6 12:00:17 2017 -0400<br><br>    ENH: Allow non-zero unweighted measurements for dtspd<br><br>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>---------------<br></div><div>Any help on my question is highly appreciated.</div><div>Thank you in advance.</div><div><br><br></div></div>