<div dir="ltr">Dear all,<div><div class="gmail_signature"><div>I am a new user of Camino. I would like to use Camino to generate the trajectories (inside the closed cylinder PLY mesh).</div><div>1. From Camino tutorial: The simple command to generate trajectories is:</div><div><span style="color:rgb(80,80,80);font-family:monospace">datasynth -walkers 100000 -tmax 1000 -p 0.0 -voxels 1 -initial uniform -duration 0.2 -trajfile mytraj.traj</span><br></div><div><span style="color:rgb(80,80,80)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">I am wondering about the particles stepping size in this case. The particles stepping size should be sigma = sqrt(6*D0*dt), where D0 is diffusivity coefficient and dt is time step. But in the above command, there is no D0 value. So, how it works? Is there specify defaults value for D0?</font></span></div><div><span style="color:rgb(80,80,80)"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></span></div><div><span style="color:rgb(80,80,80)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">2. Now, I would like to generate trajectories inside <b>only one closed cylinder</b> (defined by PLY mesh). The command is:</font></span></div><div><font color="#505050" face="monospace, monospace">datasynth -walkers ${WALKERS} -tmax ${TVAL} -p 0.0 -voxels 1 -initial intra -voxelsizefrac 1 -diffusivity 0.5E-9 -duration 0.05 -substrate ply -plyfile ${plyfile} -trajfile ${mytrajfile}</font><br></div><div><font color="#505050" face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font color="#505050" face="arial, helvetica, sans-serif">Where </font><span style="color:rgb(80,80,80);font-family:monospace,monospace">${WALKERS}=</span><span style="color:rgb(80,80,80);font-family:arial,helvetica,sans-serif">131072 and </span><span style="color:rgb(80,80,80);font-family:monospace,monospace">${TVAL}=</span><span style="color:rgb(80,80,80);font-family:arial,helvetica,sans-serif">1000. The header of my plyfile is </span></div><div><div><font color="#505050" face="monospace, monospace">ply</font></div><div><font color="#505050" face="monospace, monospace">comment closed surface</font></div><div><font color="#505050" face="monospace, monospace">format ascii 1.0</font></div><div><font color="#505050" face="monospace, monospace">element vertex <b>8071</b></font></div><div><font color="#505050" face="monospace, monospace">property float x</font></div><div><font color="#505050" face="monospace, monospace">property float y</font></div><div><font color="#505050" face="monospace, monospace">property float z</font></div><div><font color="#505050" face="monospace, monospace">element face <b>16138</b></font></div><div><font color="#505050" face="monospace, monospace">property list uchar uint vertex_indices</font></div><div><font color="#505050" face="monospace, monospace">end_header</font></div></div><div><font color="#505050" face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font color="#505050" face="arial, helvetica, sans-serif">The question are:</font></div><div><font color="#505050" face="arial, helvetica, sans-serif">2.a. Is this command correct?</font></div><div><font color="#505050" face="arial, helvetica, sans-serif">2.b. Why is the generation running very very slowly? (just 1% finished for more than 12 hours running)</font></div><div><font color="#505050" face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font color="#505050" face="arial, helvetica, sans-serif">Thank you so much.</font></div><div><font color="#505050" face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div></div>
</div></div>