Hi Dr.Zalesky,

Thank you for your help. I have a question about the input matrix.
For each subject, I have a matrix with 100 by 100, which involved 100 brain regions.
By using clustering analysis, the 100 regions can be identified into 5 major group (A, B, C, D, and E).
According to my previous finding, the significant connection change could be found between groupA and groupC.

Now I would like to use NBS as a post-hoc analysis to figure out the significant connection changes within the regions between A and C.
Can I input the 100 by 100 matrix in the NBS and just keep the original connection value between groupA and groupC, but set other connections are zero ?

The 100 by 100 matrix will be like this example below, A1 A2 ... A20 represents 20 regions in group A. In the matrix, the 1 means the original value will be kept.

     A1  A2  A3   ...  A20 B1  ... B20  C1  C2  C3  ... C20 D1  ... D20  E1  ... D20
A1  0   0   0    0    0   0   0   0   0    1   1   1   1    1     0   0   0    0   0    0
A2  0   0   0    0    0   0   0   0   0    1   1   1   1    1     0   0   0    0   0    0
...   0   0   0    0    0   0   0   0   0    1   1   1   1    1     0   0   0    0   0    0
A20 0   0   0    0    0   0   0   0   0    1   1   1   1    1     0   0   0    0   0    0
B1   0   0   0    0    0   0   0   0   0    0   0   0   0    0     0   0   0    0   0    0
B2   0   0   0    0    0   0   0   0   0    0   0   0   0    0     0   0   0    0   0    0
...    0   0   0    0    0   0   0   0   0    0   0   0   0    0     0   0   0    0   0    0
B20 0   0   0    0    0   0   0   0   0    0   0   0   0    0     0   0   0    0   0    0
C1  1   1   1    1    1   0   0   0   0    0   0   0   0    0     0   0   0    0   0    0
C2  1   1   1    1    1   0   0   0   0    0   0   0   0    0     0   0   0    0   0    0
C3  1   1   1    1    1   0   0   0   0    0   0   0   0    0     0   0   0    0   0    0
...   1   1   1    1    1   0   0   0   0    0   0   0   0    0     0   0   0    0   0    0
C20 1   1   1    1    1   0   0   0   0    0   0   0   0    0     0   0   0    0   0    0
D1  0   0   0    0    0   0   0   0   0    0   0   0   0    0     0   0   0    0   0    0
...   0   0   0    0    0   0   0   0   0    0   0   0   0    0     0   0   0    0   0    0
D20 0   0   0    0    0   0   0   0   0    0   0   0   0    0     0   0   0    0   0    0
E1   0   0   0    0    0   0   0   0   0    0   0   0   0    0     0   0   0    0   0    0
...    0   0   0    0    0   0   0   0   0    0   0   0   0    0     0   0   0    0   0    0
E20 0   0   0    0    0   0   0   0   0    0   0   0   0    0     0   0   0    0   0    0


Thanks for your help again.
Best,
Li-Ming