open-discussion > CAT12 Grey Matter VOlume in AAL atlas is 0
Showing 1-1 of 1 posts
Display:
Results per page:
May 4, 2025  02:05 PM | Priyanka CHakraborty - National Brain Research Center
CAT12 Grey Matter VOlume in AAL atlas is 0

I want to extract ROI-wise volume for the AAL atlas using CAT12 segmentation. However, in the catROI_subj_T1.xml file (found in the Label folder), some ROI values appear as zero — for example, lACC, rACC, lTHA, rTHA, etc. Could anyone help me understand why this is happening and how to resolve it?"
ids>
      <names>
         <item>lPreCG</item>
         <item>rPreCG</item>
         <item>lSFG</item>
         <item>rSFG</item>
         <item>lMFG</item>
         <item>rMFG</item>
         <item>lIFGoperc</item>
         <item>rIFGoperc</item>
         <item>lIFGtriang</item>
         <item>rIFGtriang</item>
         <item>lIFGorb</item>
         <item>rIFGorb</item>
         <item>lROL</item>
         <item>rROL</item>
         <item>lSMA</item>
         <item>rSMA</item>
         <item>lOLF</item>
         <item>rOLF</item>
         <item>lSFGmedial</item>
         <item>rSFGmedial</item>
         <item>lPFCventmed</item>
         <item>rPFCventmed</item>
         <item>lREC</item>
         <item>rREC</item>
         <item>lOFCmed</item>
         <item>rOFCmed</item>
         <item>lOFCant</item>
         <item>rOFCant</item>
         <item>lOFCpost</item>
         <item>rOFCpost</item>
         <item>lOFClat</item>
         <item>rOFClat</item>
         <item>lINS</item>
         <item>rINS</item>
         <item>lACC</item>
         <item>rACC</item>
         <item>lMCC</item>
         <item>rMCC</item>
         <item>lPCC</item>
         <item>rPCC</item>
         <item>lHIP</item>
         <item>rHIP</item>
         <item>lPHG</item>
         <item>rPHG</item>
         <item>lAMYG</item>
         <item>rAMYG</item>
         <item>lCAL</item>
         <item>rCAL</item>
         <item>lCUN</item>
         <item>rCUN</item>
         <item>lLING</item>
         <item>rLING</item>
         <item>lSOG</item>
         <item>rSOG</item>
         <item>lMOG</item>
         <item>rMOG</item>
         <item>lIOG</item>
         <item>rIOG</item>
         <item>lFFG</item>
         <item>rFFG</item>
         <item>lPoCG</item>
         <item>rPoCG</item>
         <item>lSPG</item>
         <item>rSPG</item>
         <item>lIPG</item>
         <item>rIPG</item>
         <item>lSMG</item>
         <item>rSMG</item>
         <item>lANG</item>
         <item>rANG</item>
         <item>lPCUN</item>
         <item>rPCUN</item>
         <item>lPCL</item>
         <item>rPCL</item>
         <item>lCAU</item>
         <item>rCAU</item>
         <item>lPUT</item>
         <item>rPUT</item>
         <item>lPAL</item>
         <item>rPAL</item>
         <item>lTHA</item>
         <item>rTHA</item>
         <item>lHES</item>
         <item>rHES</item>
         <item>lSTG</item>
         <item>rSTG</item>
         <item>lTPOsup</item>
         <item>rTPOsup</item>
         <item>lMTG</item>
         <item>rMTG</item>
         <item>lTPOmid</item>
         <item>rTPOmid</item>
         <item>lITG</item>
         <item>rITG</item>
         <item>lCERCRU1</item>
         <item>rCERCRU1</item>
         <item>lCERCRU2</item>
         <item>rCERCRU2</item>
         <item>lCER3</item>
         <item>rCER3</item>
         <item>lCER4_5</item>
         <item>rCER4_5</item>
         <item>lCER6</item>
         <item>rCER6</item>
         <item>lCER7b</item>
         <item>rCER7b</item>
         <item>lCER8</item>
         <item>rCER8</item>
         <item>lCER9</item>
         <item>rCER9</item>
         <item>lCER10</item>
         <item>rCER10</item>
         <item>VER1_2</item>
         <item>VER3</item>
         <item>VER4_5</item>
         <item>VER6</item>
         <item>VER7</item>
         <item>VER8</item>
         <item>VER9</item>
         <item>VER10</item>
         <item>ltAV</item>
         <item>rtAV</item>
         <item>ltLP</item>
         <item>rtLP</item>
         <item>ltVA</item>
         <item>rtVA</item>
         <item>ltVL</item>
         <item>rtVL</item>
         <item>ltVPL</item>
         <item>rtVPL</item>
         <item>ltIL</item>
         <item>rtIL</item>
         <item>ltRe</item>
         <item>rtRe</item>
         <item>ltMDm</item>
         <item>rtMDm</item>
         <item>ltMDl</item>
         <item>rtMDl</item>
         <item>ltLGN</item>
         <item>rtLGN</item>
         <item>ltMGN</item>
         <item>rtMGN</item>
         <item>ltPuA</item>
         <item>rtPuA</item>
         <item>ltPuM</item>
         <item>rtPuM</item>
         <item>ltPuL</item>
         <item>rtPuL</item>
         <item>ltPuI</item>
         <item>rtPuI</item>
         <item>lACCsub</item>
         <item>rACCsub</item>
         <item>lACCpre</item>
         <item>rACCpre</item>
         <item>lACCsup</item>
         <item>rACCsup</item>
         <item>lNacc</item>
         <item>rNacc</item>
         <item>lVTA</item>
         <item>rVTA</item>
         <item>lSNpc</item>
         <item>rSNpc</item>
         <item>lSNpr</item>
         <item>rSNpr</item>
         <item>lRedN</item>
         <item>rRedN</item>
         <item>lLC</item>
         <item>rLC</item>
         <item>RapheD</item>
         <item>RapheM</item>
      </names>
      <version>2577</version>
      <data>
         <Vgm>[



































































































































































































































































































































































































































































































































[8.45211039379042
8.50850204381981
13.3606321180415
12.2523386005871
14.6578263793015
15.102553963242
3.25907117177975
4.58139180645842
8.55479971067635
6.95164372029225
2.54487713584991
2.62016941300426
3.75416939427695
4.58625267020658
6.8450396292622
6.94135741455594
1.3420618973479
1.2375144501111
9.07146628890476
6.9577236795991
2.60772720323435
2.98231497269795
2.76595203770089
2.8761482675929
1.90213197404656
2.17776834185593
2.00547583555515
2.45022203592579
2.79238747334204
2.38971399498381
0.881830406915639
0.719349595686566
8.54217445780277
8.75623568101643
0
0
7.57421642004341
7.58949387747755
1.57398147428121
0.871057084271868
4.7361237438544
4.53212857059856
4.84352816395834
5.36348908624802
1.44052937640366
1.32339082285559
9.12334142141645
6.10110962878526
6.20211456489633
6.18297509344323
9.0007277816933
8.74757486262473
3.6052661397634
3.59175063089814
10.9778635410467
7.10253536281953
3.52549453130314
3.60967721052967
10.9725311399204
10.4523065387799
9.6191252008105
9.46195815121668
7.39050538899743
7.27497367646972
7.43639980492522
5.54522106035887
3.91882472368339
5.42933882378294
4.32964410873844
6.41451618832218
13.1105160783925
12.7331550866208
3.10504338715556
2.60367596767368
2.70074131919002
3.08541376185333
3.84474842746042
4.04105679029196
0.130579618604054
0.370977016746284
0
0
0.821924158996883
0.690972302006423
8.91973398680053
9.56158575703008
5.41761938311323
5.52121450247869
18.0618643052875
15.5394520089811
3.17048672702282
4.69076288825563
11.3379834532212
12.8826166912462
9.60019042628637
8.93359071366742
7.05457501686888
7.72798677568395
0.272096962539182
0.599499874691737
3.59801050624674
3.55079772439225
6.31194163159861
6.23160546820652
2.37270561086692
1.85479512037285
8.4965313203382
9.47232196278803
2.77541631437953
2.50729924506247
0.377649466032892
0.310943584802509
0.0961223561564779
0.50902630128477
1.87497997878262
1.42106730017478
0.667766073720252
0.861112001824417
0.700309385321753
0.177261946127611
0.04878239861041
0.0525451515510181
0.0768681059874635
0.0737009417410304
0.0793652341571169
0.0423705193948391
0.573799630316847
0.429961970868412
0.309215761821959
0.177358111439403
0.0933088232164514
0.0559542739005461
0.000403262880076106
0
0.551130042657581
0.621350515709577
0.171610060560683
0.134177962267662
0.0472065713987549
0.0390079275084752
0.0223717830126903
0.0171572840035677
0.0733783317664175
0.0563172103087366
0.753816161382412
0.714442196965958
0.133895677200204
0.111840301730422
0.0569934514394712
0.041170036878553
0.939261239941727
0.600644518862805
2.7467660305055
2.70596513761188
2.36644572655353
2.22888345879985
0.842924841965463
0.717559725623758
0.000294692093790646
0.00309581800748471
0.00287557443669614
0.000530445773537983
0.00165337775644901
0.00226757811836432
0.000276079963040127
0.00147346046895323
0
0
0.0201104089732706
0.000871668194204925]</Vgm>